Mestské zastupiteľstvo Bratislavy však v marci 1991 napadlo platnosť zmluvy, vo veci sa začal dlhoročný súdny spor. Na decembrovom rokovaní zastupiteľstva hlavného mesta poslanci schválili návrh na uzatvorenie dohody o urovnaní. Začatie rokovaní o mimosúdnom vyriešení súdneho sporu odporučila hlavnému mestu advokátska kancelária, ktorá ho v spore zastupovala. Odôvodnila to "vysokou pravdepodobnosťou neúspechu v spore".
V decembri 2023 schválili bratislavskí mestskí poslanci návrh dohody o urovnaní súdneho sporu týkajúceho sa nájmu objektu. Vo februári primátor Bratislavy Matúš Vallo informoval, že amfiteáter je späť v rukách hlavného mesta. Avizoval zároveň plán revitalizácie "ikonického" miesta. Hlavné mesto pritom už v roku 2017 deklarovalo, že chce vrátiť do tohto objektu život a obnoviť v ňom kultúru a zároveň ho zrekonštruovať. V minulosti dostala budova aspoň čiastočne nový vzhľad, keď ju prekryli plachtou kopírujúcou pôvodnú siluetu amfiteátra. Spodná časť dostala antigrafitový náter.
